Urodził się w 1542 roku jako syn Stanisława i Anny z domu Fulsztyn Herbartów Zamoyskich. Studiował prawo w Getyndze, Strasburgu, Paryżu i Padwie. Humanista, o rozległych horyzontach umysłowych. Na dworze króla Zygmunta Augusta pracował jako sekretarz przy uporządkowaniu kancelarii królewskiej a pózniej przy katalogowaniu archiwów państwowych. Miał także opinię wielkiego opiekuna nauki, sztuki i literatury. Założył on rozległą ordynację zamojską (nazywaną często państwem zamojskim), która przetrwała trzy i pół wieku. Zamość stał się stolicą ordynacji. Ambicjš Jana Zamoyskiego było nadanie tej najnowszej wówczas twierdzy Rzeczypospolitej rangi ośrodka naukowego i kulturalnego. Zamość miał stać się także dziełem sztuki. Do realizacji tego zadania zaangażowany został Włoch Bernardo Morando. W roku 1580 wydaje akt lokacyjny miasta Zamościa. W roku 1581 zostaje Hetmanem Wielkim Koronnym. W roku 1589 zakłada ordynacje zamojskš, dla której układa konstytucje. Najbliższy doradca króla Stefana Batorego a po jego śmierci Zygmunta III Wazy. Twórca potęgi rodu Zamoyskich. Zmarł w 1605 roku.